Библиотека
А.Ю. Сафронов. Компьютерные модели бионеорганических молекул (учебное пособие)
Содержание:
ПЕРОКСИДАЗА
Единственная из представленных, модель пероксидазы не имеет “труб” или “лент”, которые в большинстве других моделей заменяют длинные полипептидные фрагменты или целые субъединицы – на данной модели показаны все имеющиеся в молекуле связи за исключениемС–Н-связей(атомы водорода в структурных моделях этого типа отсутствуют). В приводимой модели выделены красным только два основных структурных фрагмента: углеводная часть (крайний слева) и простетическая группа – протогематин IX (в центре), остальная гликопротеиновая часть белка показана чередованием зеленых и фиолетовых структурных фрагментов, состоящих из остатков 16 аминокислот. Красные точки, окружающие глобулу – молекулы воды, в которых, как и в полипептидных цепях, атомы водорода отсутствуют. Катион железа представлен с дистальной части с вакантным шестым координационным местом (пятое координационное место связано с белком с противоположной стороны). В рабочем цикле белка шестое место занимает молекула пероксида.
